استعداد سرشار او در این راستا توجه «سید رحمان سیاهپوش قزوینی» را که در ایام محرم، صفر و ماه مبارک رمضان به رودبار می‌آمد و در روستای آغوزبن به منبر می‌رفت، به خود جذب کرد و شیفته اش ساخت تا از میر محمد علی با اصرار تقاضا کند که اجازه بدهد برای ادامه تحصیل سید یونس را با خود به قزوین ببرد.

اگر چه تنگدستی خانواده و عدم توان پرداخت هزینه تحصیلی نزدیک بود که او را از این فرصتی که برایش پیش آمده است، محروم سازد ولی کمک مردم روستا و مساعدت و پافشاری سید قزوینی بر این مهم غالب آمد و بدین ترتیب، سید یونس برای تحصیل به قزوین رفت.

پس از سپری شدن این سال‌ها با  «ضیاء باقری»، طلبه‌ای که هم حجره‌ای او بود و از روستای کلیشم رودبار به قزوین آمده بود، عازم مشهد مقدس شد تا در حوزه‌های علمیه آنجا به تحصیلات خود ادامه دهد و از محضر درس استادان آن حوزه‌ها استفاده کند.

نزدیک به دو سال در مشهد الرضا(ع) تحصیل خود را دنبال کرد، در این فاصله با بالا گرفتن معرفت علمی و ایمان قلبی‌اش فعالیت سیاسی‌اش، علیه نظام شاهنشاهی نیز شروع شد.

گستردگی فعالیت سیاسی او در این راستا باعث شد که توسط ساواک دستگیر شود و مورد شکنجه قرار گیرد، شدت شکنجه به اندازه‌ای بود که سید یونس حتی از نوشتن نیز برای مدتی محروم ماند.

گفته‌اند، سید یونس وقتی که جهت مداوا به پزشک مراجعه می‌کند، پزشک معالج خطاب به ایشان می‌گوید: شما به حکومت چه کار دارید؟ سید یونس پاسخ می‌دهد: «قرآن به ما دستور داده است که با ظلم و ستم مبارزه کنیم». یونس هنوز کاملا بهبودی خود را به دست نیاورده بود که دوباره ساواک به سراغ او می‌آید و این بار به چابهار تبعید می‌شود.

پس از پایان اقامت اجباری او در بندر چابهار که سه ماه به طول می‌انجامد مجددا برای ادامه تحصیل تصمیم می‌گیرد به قم عزیمت کرده و در مدرسه فیضیه، به مراتب علمی خویش بیفزاید.خانواده مخالفت می‌کند ولی او در تصمیم خود پابرجا و قاطع است.

در آستانه خروج از منزل، مادرش به او می‌گوید: «پسرم! شما را می‌کشند و مردم، ما را سرزنش می‌کنند. سید یونس به مادر پاسخ می‌دهد: «هر کس بعد از شهادت من، شما را سرزنش کرد مقاومت کنید و از اینکه چنین فرزندی داشتید که تقدیم اسلام و جامعه و مملکت کرده اید، خدا را شکر گزار باشید.»

او حدود 7 سال در مدرسه فیضیه قم زیر نظر استادان بزرگی چون حضرت امام خمینی، به کسب مراتب معنوی و تحصیل علوم دینی می‌پردازد و با توجه به روشنگری‌ها و افشاگری‌های بنیانگذار انقلاب اسلامی ایران، فعالانه به مبارزه علیه رژیم ستم‌شاهی برمی‌خیزد و درهمین رابطه چندین بار توسط ساواک دستگیر، زندانی و شکنجه می‌شود.

مبارزات وی تا سال 42 و حمله کماندوهای شاه به فیضیه، ادامه یافت اینکه روز حمله گارد به فیضیه، با نیروهای گارد درگیر می‌شود.شب بعد از حمله، سید یونس خیلی مضطرب به حجره می‌آید، او جوان شجاع و بی‌باکی بود و هیچ‌گاه دیده نشده بود که خوف و ترسی داشته باشد! اما آن‌روز آن‌قدر از کماندوها چوب خورده بود که حالت شوکه و ضعف اعصاب داشت. نه می‌توانست بخوابد و نه می‌توانست خود را کنترل کند.

پس از جریان حمله کماندوها به مدرسه فیضیه، یک روز با همان وضعیت به شدت آسیب دیده در قم ماند.فردای آن‌روز سایر طلبه‌ها چون می‌دیدند که اگر با این وضع در قم بماند از بین می‌رود چاره کار را در آن دیدند که سید یونس را به قزوین که نزدیک‌ترین شهرستان به زادگاهش هست بفرستند تا به وسیله آشنایان و نزدیکانی که او در آنجا دارد ترتیب درمان او توسط پزشکان در قزوین داده شود.

از مراجعت او به زادگاهش، چند روزی بیشتر سپری نشده بود که صدمات وارده کار خودش را می‌کند و سید یونس دارفانی را وداع گفته و به شهادت می‌رسد و پیکر مبارکش در گلزار امام‌زاده حسین آغوزبن(رودبار) زیارتگاه رهروان راه خدا می‌شود.

 امام خمینی (ره) پس از شهادت سید یونس حسینی رودباری در ملاقات با پدر و مادر این اولین شهید نهضت اسلامی و فیضیه می‌فرماید: «من این سید را از فرزندم بیشتر دوست دارم.»

همچنین امام در اطلاعیه‌ای که به مناسبت چهلمین روز گرامیداشت شهدای حوزه علمیه قم صادر می‌کند، می‌نویسد: دیروز پدر قد خمیده مرحوم سیدیونس رودباری که آثار عظمت مصیبت چهره اش را در هم شکسته بود؛ به ملاقات من آمد، با چه زبانی می‌شود، مادرهای فرزند مرده و پدرهای غمدیده را تسلیت داد.