گفته می‌شود دلیل برکناری فرشچی، مخالفت وی با طرح انتقال آب خزر به سمنان بوده که عیسی کلانتری رئیس‌سازمان محیط‌زیست و معاون رئیس‌جمهور پیگیر آن است. حسن روحانی رئیس‌جمهور نیز بار‌ها اجرای این طرح را خواستار شده است. با این حال کارشناسان و متخصصان متعددی این طرح را غیراقتصادی، مضر و مخرب محیط‌زیست دانسته‌اند.
معاون پیشین محیط‌زیست ضمن تائید مخالفتش با طرح انتقال آب خزر به سمنان، درخصوص دلیل این برکناری گفت: رئیس‌هر سازمانی اختیار دارد که در مورد معاونانش تصمیم بگیرد، اما دلیل خاصی به عنوان دلیل اصلی برکناری من عنوان نشده است.